海軍軍艦旗は、軍艦がどの国に属しているかを示すために使用する旗である。海軍軍艦旗を軍艦旗と呼ぶこともある。
海軍の軍艦旗は、船の背中に掲揚されます。国によっては、海軍旗の代わりに国旗を軍艦に掲揚しているところもある。米国は、海軍旗の代わりに国旗を使用している国の一例です。また、国旗とは異なる特別な海軍旗を持つ国もある。英国は、国旗とは異なる特別な海軍旗を使用している国の一例です。