蛋白質構造データバンク
タンパク質データバンク（PDB）は、タンパク質や核酸などの大きな生体分子の3次元（立体）構造に関する情報を集めたものです。世界中の生物学者や生化学者がデータを送ってきます。ほとんどのデータは、X線結晶構造解析やNMR分光法によるものです。誰でも無料でオンラインでPDBにアクセスできます。世界タンパク質データバンク（wwPDB）がPDBを管理しています。
PDBは、構造生物学や構造ゲノミクスを研究する科学者にとって有用です。多くの科学者が自分の情報をデータベースに送らなければなりません。主要な科学雑誌や、米国の国立衛生研究所などの資金提供機関では、科学者にPDBにデータを送るようにとの規則を設けています。PDBにはオリジナルの一次データがあります。他の何百ものデータベースはデータを再利用しています。これらの二次データベースは情報をさまざまな方法で整理しています。例えば、SCOPとCATHでは、構造を種類別にグループ化し、進化による関連性を考えています。遺伝子オントロジーは、データを遺伝子に基づいたグループに分類します。
関連ページ
- 分子運動のデータベース
- The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) - 各地域のホストの親サイト(下記)
- RCSBタンパク質データバンク（米国）
- PDBe (ヨーロッパ)
- PDBj (日本)
- BMRB, Biological Magnetic Resonance Data Bank (米国)
- wwPDB Documentation - PDBとPDBMLのファイルフォーマットについてのドキュメント
- Looking at Structures - RCSBによる結晶学の紹介
- PDBsum Home Page - PDBの構造に関するデータを他のデータベースから抽出します。
- Nucleic Acid Database, NDB - 核酸の検索に特化したPDBミラーです。
- PDBが主催するPDBチュートリアルの紹介
質問と回答
Q: タンパク質データバンク(PDB)とは何ですか?
A: タンパク質データバンク（PDB）は、タンパク質や核酸などの生体高分子の3次元（3D）構造に関する情報を集めたものです。
Q: PDBに登録されているデータはどこから来ているのですか?
A: ほとんどのデータは、X線結晶構造解析やNMRスペクトロスコピーから得られたものです。
Q: PDBのデータは誰が送っているのですか?
A: 世界中の生物学者や生化学者がデータを送っています。
Q: 誰でもPDBにアクセスできるのですか?
A: はい、誰でも無料でPDBにアクセスすることができます。
Q: PDBは誰が管理しているのですか?
A: PDBはWorldwide Protein Data Bank (wwPDB)が管理しています。
Q: PDBはなぜ科学者に有用なのですか?
A: PDBは、構造生物学や構造ゲノミクスを研究する科学者にとって有用です。
Q: 誰がPDBに情報を送っているのですか?
A: 多くの科学者がPDBに情報を送る必要があります。主要な科学雑誌や、米国国立衛生研究所などの一部の資金提供機関では、科学者にPDBにデータを送るように指示する規則があります。
