ショーニー郡（郡コード：SN）は、アメリカ合衆国カンザス州北東部に位置する郡である。2010年国勢調査での人口は177,934人であり、カンザス州で3番目に人口の多い郡である。
州都であり、郡庁所在地であるトピカは最も人口の多い都市である。1855年に最初の準州議会によって作られた33の郡の一つである。
アメリカ先住民のショーニー族にちなんで命名された。
1855年8月25日、ショーニー郡が誕生した。
