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私はアンドリュー・ライアン、あなたに質問をするためにここに来ました。
人は自分の眉の汗を流す権利がないのですか？
いや、ワシントンの男は言う、それは貧しい人々のものだ。いや
、バチカンの男は言う、それは神のものだと。いや、モスクワの男は言う、それは皆のものだ。
私はそのような答えを拒否しました。その代わり、
私は
違うものを選びました。
不可能なことを選んだのです。私が選んだのは...
ラプチャー。
芸術家が検閲を恐れていない都市。
科学者が些細な道徳に縛られることのない場所。偉大な人が小さなことに 拘束されない
ところ
そして、あなたの眉の汗で、
ラプチャはあなたの都市にもなることができます。
アンドリュー・ライアン
バイオショックは、1960年、架空の海底都市ラプチャーを舞台にした作品です。プレイヤーは音声記録を聞くことでRaptureについて知ることになります。Raptureは、陸地に対する残酷な政治的、経済的、宗教的権力を好まないAndrew Ryanという人物によって作られました。1946年に大西洋中部の海底に、海底火山を利用して地熱を利用した都市が密かに建設された。ラプチャーでは科学の進歩が著しく、ライアンが連れてきた優秀な科学者のおかげで、エンジニアリングやバイオテクノロジーが急速に発展した。また、ブリジット・テネンバウム博士が発見した未知のウミウシから採取した幹細胞「ADAM」は、損傷した組織を修復し、ヒトゲノムを書き換える能力があることが判明。テネンバウムは、実業家でマフィアのフランク・フォンテーンと共同で、超人的な肉体改造を顧客に提供するプラスミド産業を立ち上げた。テネンバウムは、フォンテーヌが設立した孤児院から引き取った少女たち（「リトル・シスター」）の胃にナメクジを埋め込むことによって、ADAMが大量生産できることを発見した。
時代が進むにつれて、貧富の差は大きくなっていきました。フランク・フォンテーヌは、下層民を支援するために慈善団体を設立した。彼の目的は、その慈善団体を利用して、貧しい人々を操ることだった。また、宗教的なものなど、地上の禁制品を市民に供給するための密輸作戦も行った。これらとプラスミド産業の支配により、彼は絶大な力を持つようになった。ライアンを倒そうとしたが、反乱は激しく鎮圧され、フォンテーヌは死んだと言われた。ライアンはフォンテーヌのプラスミドビジネスを掌握した。数ヶ月のうちに、不満を持つ下層階級のリーダーとして、アトラスという新しい人物が台頭してきた。1959年の大晦日、アトラスと彼のADAMに侵された信奉者たちはライアンに対する新たな反乱を起こし、ラプチャー中に広まった。ライアンは自らの勢力を拡大し、パラノイアはラプチャーの中央広場で罪のない人々を中心に数十人を吊るし上げるに至った。ADAM不足を解消するため、街を徘徊して死者からADAMを抽出し、飲み込んだ後に胃の中で生のADAMにリサイクルする「リトルシスター」が精神的に調教された。リトルシスターの仕事を守るために、多くのプラスミドを開発した科学者スーチョン博士によって、装甲潜水服を着た強化精神滅菌人間「ビッグダディ」が生み出された。ADAMの欠点は、定期的に注入しないと精神的、肉体的に問題が生じることである。戦争で生産と供給が悪化すると、街のADAM使用者は皆、激しく狂ってしまった。プレイヤーが到着するころには、ほんの一握りの非変異人間が隠れ家で生き延びていた。
ストーリー
ゲーム開始時、プレイヤーキャラクターであるジャックは、1960年、ラプチャーの秩序ある社会が崩壊した後、大西洋に墜落した飛行機の乗客として登場します。墜落後、唯一の生存者となったジャックは、近くの島の灯台まで泳ぎ、そこで見つけた水中球を使って海に沈み、ラプチャーの街へと入っていきます。潜水球の中にあった業務用無線機を使って、アイルランド人のアトラスがジャックを助け、安全な場所へと向かっていく。一方、ライアンはジャックを地上国のエージェントだと思い、ラプチャーの自動システムとフェロモンで制御されたスプライサーを使って、ジャックを殺そうとする。アトラスはジャックに、プラスミドによって与えられた能力を使うことでしか生き残れないこと、そしてリトルシスターを殺し、ADAMを取り出すことを告げる。アトラスの言葉を聞いたテネンバウム博士は、ジャックにリトルシスターを救うよう促し、各シスターに埋め込まれているウミウシを置き換えるプラスミドを渡す。アトラスは妻と子供が潜水艦に隠れていると言い、ジャックを潜水艦に向かわせる。ジャックとアトラスが潜水艦のある湾に到着すると、ライアンは潜水艦を破壊させ、怒ったアトラスはジャックにライアンの殺害を依頼する。
やがて、人工林を枯死から救い、狂気の芸術家の彫刻制作を手伝うなどの任務を終えたジャックは、オフィスでゴルフをしているライアンと対峙する。ライアンは、彼がつなぎ合わせた真実を明かす。彼は、ダンサーのジャスミン・ジョリーンとの不倫によるライアンの隠し子なのだ。ジャックを妊娠したジョリーンは、どうしてもお金が必要だったため、胚を手術で取り出し、最高額の入札者に売り渡したのだ。彼女は、その息子を購入したのがフランク・フォンテーンだとは知らず、怒ったライアンによって命を落とすことになる。さらにライアンは、ジャックの胚を購入した後、フォンテーンは "Would you kindly... "と言われ、命令に従わせたことを明かします。その後、ジャックは戦争が始まるとライアンの手の届かないところに置かれるため、地上に送られた。フォンテーヌとライアンの対立が膠着状態になると、ジャックは荷物を持って飛行機に乗り、その中身であるリボルバーで飛行機をハイジャックして灯台の近くに墜落させ、フォンテーヌの道具としてラピュールに戻るように指示されたのである。ジャックはライアンの息子であるため、ライアンの「遺伝的ボールパーク」内の人以外はロックアウトされていたラプチャーのバチスフィアネットワークを自由に使うことができたのである。そしてついにライアンは、自分の意思で死にたいがために、ジャックに自分を殺させる。ライアンの死によって、ジャックはアトラスが自分をコントロールするためにトリガーフレーズを使っていたことに気づくのが遅すぎた。アトラスはフォンテーヌと名乗り、ライアンの追跡を逃れさせるために死を偽装し、街を掌握、ジャックは再び起動したセキュリティシステムのなすがままとなる。博士テネンバウムと彼女のリトルシスターは、彼が落下し、意識を失うベントシステムを介してジャックを脱出するのに役立ちます。
ジャックが目覚めた時、テネンバウム博士はすでにトリガーフレーズを消していた。フォンテーヌがジャックのコントロールを失っていることが明らかになると、フォンテーヌはテネンバウムがホロコーストの犠牲者として第二次世界大戦とラプチャーでの戦闘の両方を生き延びた事実を指摘し、彼女が彼女自身の秘密の意図を持っていることをほのめかします。リトルシスターの協力で、ジャックはフォンテーヌを追い詰めることができる。追い詰められたフォンテーヌは、大量のADAMを自分に注射し、怪物と化す。ジャックはフォンテーヌと戦い、最終的にリトルシスターにフォンテーヌからADAMを奪い取らせ、死亡させる。
リトルシスターとの関わり方によって3つのエンディングが用意されており、全てテネンバウム博士のナレーションで進行する。リトルシスターを収穫せず、命を救った場合、5人のリトルシスターがジャックと共に地上に戻り、ジャックのもとで大学を卒業し、結婚し、子供をもうけるなど充実した生活を送り、死に際に老いたジャックが5人の大人のリトルシスターに囲まれる心温まるエンディングが描かれます。
プレイヤーがリトルシスターの全員またはほぼ全員を収穫（それによって死亡）した場合、ゲームはジャックがフォンテーヌを倒した後にシスターに敵対し、おそらく全員を殺害して彼らのADAMを奪って終了します。テネンバウムは、怒りに満ちた声で、ジャックと彼の行動を怒りながら、何が起こったかをナレーションしています。その後、2つ目のエンディングでは、核ミサイルを積んだジョージ・ワシントン級潜水艦が飛行機の残骸に遭遇し、突然スプライサーを含むバチスフェアに包囲されます。スプライサーは潜水艦の乗員を皆殺しにし、潜水艦を支配する。
リトルシスターを複数殺したが、前のエンディングを得るほどではなかった場合、エンディングは2つ目と同じだが、テネンバウムの声のトーンが怒りではなく悲しみになっており、細かいセリフの変更もある。
