近親交配とは、遺伝学の用語で、近縁の動物や植物を交配させることを意味します。植物の自家受精は、近親交配の中でも最も極端な例です。同一植物に雄花と雌花の両方をつける個体では、近親交配が非常に広く行われます。近親交配は、同じ種の無関係なメンバーの交配である外来交配（アウトクロス）の反対概念とされ、近親交配と外来交配の組み合わせは、人為的選択や育種で標準的に用いられる手法です。
遺伝学的な定義と仕組み
遺伝学的には、近親交配は「共通祖先から受け継いだ同一の対立遺伝子（同一遺伝子）を持つ確率」が高まることを指します。これを数値化したものが「近交係数（inbreeding coefficient、しばしばFで表記）」で、個体のゲノム上で両親が同じ祖先から同じ遺伝子を受け継ぐ確率を示します。自己受精では世代ごとにホモ接合（同一対立遺伝子）の割合が急速に増し、兄弟姉妹交配や親子交配でもホモ接合率が高まります。
近親交配で起きる主な遺伝的変化は以下のとおりです。
- ヘテロ接合性（遺伝子の多様性）の喪失
- 劣性有害変異がホモ接合となることで表現型に現れやすくなる
- 集団の遺伝的浮動が強まり、系統間の差が固定化される
影響（近親交配抑圧＝近交弱勢）
近親交配により観察される負の影響は総称して「近親交配抑圧（近交弱勢、inbreeding depression）」と呼ばれます。これには次のような現象が含まれます。
- 生存率や成長率の低下
- 繁殖能力の低下（不妊や流産の増加など）
- 先天異常や抵抗力の低下による病気や早期死亡の増加
- 適応力の低下、環境変化に対する脆弱性の増大
近親交配抑圧の遺伝的原因は主に、劣性の有害変異がホモ接合化して表現されることと、ヘテロ接合優位（ヘテロ接シー）が失われることです。長期にわたり強い選択や反復的な近親交配が行われると、有害対立遺伝子が集団から除去される「パージング（浄化）」が起きることもありますが、多くの場合は代償が大きく、野生集団や家畜・作物にとって問題となります。
一方で、研究用や生産用に人工的に作られた「近親交配株」や「近交系」（inbred strains）は、遺伝的変異が非常に少ないため実験の再現性を高める利点があります。例えば、実験動物の近交系や均一な作物系統は研究や育種で重要ですが、野外に出した場合や疾患耐性が必要な状況では脆弱になることがあります（元の文で触れられている「近親交配株」という表記は、ここで言う近交系を指します）。
利用と管理
近親交配は次のような用途で意図的に用いられます。
- 純系や均一性を保つための品種・系統作成（実験動物、作物の近交系）
- 望ましい形質を固定するための選抜育種
- ハイブリッド育種（親系を近交で均質化し、F1で雑種強勢を得る戦略）
同時に、近親交配の負の影響を抑えるための管理手法も重要です。主な対策は以下のとおりです。
- 外来交配（アウトクロス）による遺伝的多様性の回復
- 適切な個体数を維持して有効集団サイズ（Ne）を確保する
- 系統記録と血統管理による近親度の把握と制御
- 冷凍精子・胚保存などの長期保存技術の利用
人間社会における扱い
人間に関しては、近親交配は文化的・道徳的・法的な問題を伴います。多くの社会で近親相姦や近親婚に対するタブーがあり、たとえば高い割合で親子や兄弟姉妹間の婚姻が禁止されています。近親者同士の結婚に関する規制は地域や文化によって異なり、いとこ婚（いとことの結婚）を許容する文化もある一方、厳しく禁止する国や地域もあります。
遺伝学的観点では、近親婚により先天性疾患や常染色体劣性遺伝病の発症リスクが上昇することが知られています。リスクの増加は血縁の近さに依存し、親子や兄弟姉妹の場合に最も高く、いとこ婚では中程度の増加となります。具体的なリスク評価や遺伝カウンセリングは個別の家系歴や地域に特有の遺伝的背景を考慮して行う必要があります。
まとめと注意点
- 近親交配は遺伝的均一性を高める一方で、有害な効果（近親交配抑圧）をもたらす可能性がある。
- 育種や研究では目的に応じて意図的に用いられることがあるが、管理を怠ると集団の脆弱化を招く。
- 人間社会では文化や法制度により扱いが異なり、医学的には遺伝カウンセリングなどの支援が重要である。